Die Kosten für das Meldeverfahren, inklusive der damit verbundenen Überprüfungen, sind gemäß Vorgabe des Landes durch Gebühren zu decken. Die Gebühren werden für die Abgabemeldungen der Inverkehrbringer erhoben. Die Meldung der Aufnahmen durch die Empfänger ist gebührenfrei.
Die Höhe der Gebühr wird vom Land in der Gebührenordnung für Amtshandlungen und Leistungen der Landwirtschaftskammer Niedersachsen zur Erfüllung von staatlichen Aufgaben festgelegt. In 2018 betrug die Gebühr z.B. 4 Cent je Tonne Frischmasse. Werden übernommene Mengen, erneut in den Verkehr gebracht und an Dritte abgegeben, ist auch diese Abgabemeldung wieder gebührenpflichtig. Abgeber erhalten einen Gebührenbescheid entsprechend der Gesamtmenge ihrer im Abrechnungszeitraum gemeldeten Abgaben .